Doanh nghiệp thường hay gặp những sai sót sau:
- Nộp thuế nhầm vào tài khoản tạm giữ, thay vì phải nộp vào tài khoản thu ngân sách.
- Nộp thuế nhập khẩu, thuế GTGT hàng nhập khẩu nhưng không ghi số tờ khai, ngày hoặc ghi số tờ khai và ngày nhưng số tiền không khớp với tờ khai thì sẽ bị trả về.
- Ghi nhầm tên người nộp là tên cá nhân đi nộp tiền (Phải ghi tên pháp nhân Doanh nghiệp) khi nộp thuế.
- Không nắm rõ các qui định về thời hạn nộp thuế của từng sắc thuế để chủ động nộp trước ngày hết hạn nộp thuế, bị cơ quan thuế nhắc nộp thuế và bị phạt chậm nộp thuế.
- Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước: Không ghi rõ tài khoản của cơ quan thuế trên giấy nộp tiền, thiếu quan tâm ý nghĩa của những mã hiệu mục lục ngân sách nhà nước có liên quan (cấp, chương, loại, khoản, muc, tiểu mục) để ghi cho đúng khi nộp thuế.
- Khi phát sinh khoản phải nộp (không thuộc các loại thuế thông thường) đã không lập tờ khai nộp thuế cho cơ quan thuế.